Crop population genetics

从 VCF 和表型,
到能投稿的组图

面向作物方向的研究生、博后和青年教师:GWAS、单倍型、群体结构的分析和作图,加上每日文献速递、论文解读和写作辅助。一个网页,少装七八个软件。

先做水稻可编辑 SVG数据可不出课题组
01 · Workbench

一个网页,
少装几个软件

课题组电脑上常见十几个软件,各有各的格式和操作。常用的那几步我们放进同一个网页:打开浏览器就能用,不用安装,也不用学命令行。

作图与拼版

12 种常用图:GWAS、单倍型、群体结构、表型统计、qPCR、进化树、序列比对、结构域。多张图一键拼成 a/b/c 组图,导出 TIFF。

打开作图 →

前沿速递AI

每天自动汇总 PubMed、bioRxiv、主要植物学期刊和订阅公众号的新文章,筛出作物遗传育种方向,配中文摘要。

看今天的 →

论文解读AI

上传 PDF 或填 DOI、公众号链接,拿到结构化的中文解读:方法、群体、阈值、主要发现、亮点和可以质疑的地方。

解读一篇 →

写作助手AI

按分析参数写 Methods、按图写图注、结果写成 Results 初稿,以及润色、中译英、审稿式挑刺。只辅助,不代写。

开始写 →
以前用 → 现在用常用的那一步能在网页里完成;专业软件的完整功能仍然更强
GraphPad Prism 画柱状图、箱线图、做显著性检验→表型统计图t 检验 / ANOVA + Tukey 字母标注
CFX Manager / Excel 算 2−ΔΔCt→qPCR 相对表达直接读 Ct 表,算完出图带统计
MEGA 建树 + iTOL 美化→进化树读 Newick,或直接从序列建 NJ 树
Jalview / ESPript 看比对、出比对图→序列比对图
InterPro / IBS / DOG 画结构域→蛋白结构域图
Tassel、Haploview 出图,R 里调曼哈顿图、QQ 图→曼哈顿 · QQ · LD 热图
Structure / ADMIXTURE 结果画条形图,PCA 再画一遍→祖先成分 · PCA
TBtools 画基因结构、单倍型→单倍型组图 · 单倍型箱线图
Illustrator 里把几张图对齐、加 a/b/c→组图拼版作图台右侧「加入组图」
刷公众号、期刊官网、bioRxiv 找新文章→前沿速递
SnapGene / EditSeq 看质粒、设计引物;PyMOL 看结构;Image Lab / ZEN 处理凝胶和显微图→暂不替代:这类软件和仪器、本地文件绑定得紧,继续用原软件更合适
Custom

定制算法和流程开发

课题组有固定的分析需求、现有软件做不了或太慢,我们可以按你的数据开发专用算法或自动化流程,做成网页工具或装到你们的服务器上。

  • GWAS / 单倍型批量分析
  • 多环境表型 BLUP
  • 候选基因自动筛选
  • 实验数据整理脚本
  • 表型图像批量测量
02 · Figures

论文里最难做的
两组图

作物 GWAS 论文里,第一张图通常是关联分析,倒数第二张常是候选基因的单倍型。我们把这两组图从计算到排版做完,所有元素在 SVG 里都能调。

FIG. 1 · GWAS

关联分析组图

群体结构和亲缘关系校正后的混合线性模型结果,配显著性阈值、λGC 和候选区间。

用示例数据试一下 →
FIG. 5 · HAPLOTYPES

候选基因单倍型组图

基因结构、变异位点、单倍型表和各单倍型的表型差异,一组图讲清「哪个等位基因有用」。

用示例数据试一下 →
03 · Service

三种用法

已经有结果表,用免费工具出图;只有原始数据,或者想要专家把关,交给我们算。

现在可用

免费作图

上传 GEMMA、PLINK、GAPIT、ADMIXTURE 的结果表,或表型、Ct 值、序列,浏览器里直接出图。

  • 12 种常用图 + 组图拼版
  • 导出可编辑 SVG、300 dpi TIFF
  • 数据只在浏览器里处理,不上传
内测中

在线分析

不写代码跑完 GWAS 和单倍型分析。没有自己的数据,可以直接用 3K 水稻公共数据选材料。

  • 上传 VCF + 表型,或选公共数据
  • 成套组图 + 结果表
  • 可放进论文的 Methods 段落
接受试单

专家复核分析包

按项目交付。适合毕业论文、投稿和返修前时间紧、需要有人对结果负责的情况。

  • 从原始数据到成品组图
  • 自动质检 + 育种专家复核签字
  • 按项目报价,先评估再开工
04 · Quality

结果对不对,
比出图快更重要

群体结构没校正、阈值选错、候选区间划错,这类错误看图看不出来,却会进到论文里。所以每一步都有固定做法。

固定流程

工具、版本和参数用模板固定,同样的数据跑两次结果一样。

自动质检

样本量、缺失率、λGC,以及已知基因(如 GS3、GW5)能否复现,不过关就停。

论文验证集

用已发表的作物 GWAS 论文做对照,流程要能复现原文结论才上线。

专家签字

分析包交付前,由育种方向的专家逐图复核。

AI 做重复的活

数据整理、跑流程、出图、写 Methods 草稿,由我们的分析流水线完成,交付快、价格低。

专家对结论负责

生物学上是否合理、候选基因怎么挑,由人判断。我们不做论文代写,也不承诺「创新点」。

05 · Deploy & Partner

数据不想出单位?

有私有群体数据的课题组,最担心的是数据泄露。分析流程和作图可以整套装到你们自己的服务器上。

For labs

课题组私有化部署

装在课题组服务器或单位内网,数据不经过我们。

  • GWAS、单倍型、群体结构分析流程和线上同一套
  • 作图工具和结果管理
  • 按年维护升级新流程、新物种
For sequencing providers

测序公司合作

测序公司还没有植物群体遗传分析能力的,我们可以做你们的售后分析,或者联合交付。

  • 重测序 / 芯片数据的 GWAS 和单倍型分析
  • 出版级组图和 Methods
  • 按项目结算,或引流分成
06 · FAQ

常见问题

支持哪些物种?

现在先做水稻(参考基因组 Nipponbare IRGSP-1.0)。免费作图工具不限物种,只要是标准的结果表就能画。玉米、小麦、大豆排在水稻之后。

免费作图会上传我的数据吗?

不会。作图工具在你的浏览器里读文件、计算和出图,数据不发到任何服务器。可以断网后再试一次验证。

导出的图能直接用在论文里吗?

SVG 里文字是文字、元素按图层分组,可以在 Illustrator、Inkscape 或 PPT 里继续改字体、颜色和排版;位图可导出 300 dpi 的 TIFF。投稿前请按期刊要求核对尺寸和字号。

分析包包括什么?多少钱?

按项目报价,取决于物种、样本量、数据类型和要几组图。目前接受试单,请先发邮件说明项目情况。

可以帮忙写论文吗?

不代写。写作助手只根据你提供的分析参数和结果,起草 Methods、图注、Results 段落,或者润色、翻译、挑问题;不会编数据和参考文献,缺的信息会标成 [待补充]。投稿时请按期刊要求声明使用了 AI 辅助。

AI 功能用的是什么模型?上传的论文会被保存吗?

用的是阿里云通义千问(国内备案的大模型)。论文解读和写作助手的内容只用于当次生成,我们不保存原文。AI 生成的内容可能有错,关键数字请回原文核对。免费使用有每日次数限制。

07 · Contact

说说你的需求

试单、内测、定制开发、私有化部署、测序公司合作,都发到这个邮箱。

wujinseed@163.com
来信请写明(方便我们快速评估):
  1. 物种和群体:多少份材料,是否用公共数据
  2. 数据类型:VCF、重测序原始数据、芯片,还是只有表型
  3. 性状:几个,是否多环境或多年份
  4. 想要的结果:哪几组图,用于毕业论文、投稿还是返修
  5. 截止时间